黑木耳在制造菌种和培育过程中，由于环节比较多，养分丰厚，条件适合，给杂菌和虫灾的产生发明了时机。常见的有毛霉菌、根霉、链孢霉、绿色木霉等十几种污染菌，一经发现便很难防治。由于到目前为止还未发现只杀灭或按捺杂菌但对木耳菌丝和人体无害的药剂。

  ①、发现杂菌污染的菌袋，悄悄从培育室拿出用土埋上，是最好的防治办法，也叫土埋法。

  ②、可以密封的场所，用下列药品消毒40%甲醛每立方米10ml兑7克高锰酸钾，熏蒸。

  ③多菌灵50%可湿性粉剂稀释500倍喷洒。墙壁上喷洒20%石灰水，地上撒石灰粉。

  常见的虫灾包含菌蝇、跳虫、潜叶蝇、蚂蚁、线虫等虫灾。防治办法主要有人工扑捉，灯火诱杀，制造各种钓饵（钓饵用敌敌畏装入容器内，挂在培育室中），药剂杀灭。

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